Никита Ваганов родился в 1988 году в Москве. Обучался в Государственном музыкальном колледже имени Гнесиных (класс Владимира Ферапонтова), Высшей школе музыки в Любеке (класс Райнера Веле), Мадридской консерватории (класс Адольфо Гарсеса), Высшей школе музыки в Штутгарте (класс Норберта Кайзера). Участвовал в мастер-классах Сабины Майер, Эдуарда Бруннера, Висенте Альберолы, Серджио Босси.

Лауреат I Всероссийского конкурса кларнетистов (2003), международных конкурсов компании Possehl в Любеке (2009), Lion’s Club в Штутгарте (2012), имени П. И. Чайковского (2019). В 2011 году совместно со студентами Высшей школы музыки Любека основал духовой секстет Cascade, ставший лауреатом межвузовского конкурса в Дюссельдорфе (2012).

Сотрудничал с Международным молодежным оркестром IRO (Оксенхаузен), Балтийским молодежным оркестром под управлением Кристиана Ярви, оркестром Российско-немецкой музыкальной академии. Выступал на Бетховенском фестивале в Бонне и фестивале «Музыкальное лето» в Обертсдорфе. Как приглашенный кларнетист играл в составе парижского оркестра Les Dissonances, Малеровского камерного оркестра и Ливерпульского филармонического оркестра.

В 2013–2022 гг. – артист Симфонического оркестра Мариинского театра, в 2022–2025 гг. – артист Национального филармонического оркестра России. С 2023 года – солист оркестра musicAeterna и приглашенный артист оркестра Utopia под управлением Теодора Курентзиса.

Преподаватель Центральной музыкальной школы – Академии исполнительского искусства. Проводит мастер-классы в Испании и России, в том числе в образовательном центре «Сириус». В 2018 году был преподавателем Летней академии имени Густава Малера в Больцано. С 2019 года преподает на Музыкальных магистерских курсах Висенте Альберолы (MMCV) в Валенсии.